El Hospital San Juan de Dios de Córdoba pertenece a la Orden Hospitalaria de San Juan de Dios.
Está acreditado por la Agencia de Calidad Sanitaria de Andalucía (ACSA). Actualmente viene prestando sus servicios a través de conciertos con la Consejería de Salud de la Junta de Andalucía, compañías de seguro y mutuas de accidentes de trabajo.